首次发现新冠mRNA疫苗体内聚腺苷酸化,增长PolyA尾巴
尽管研发人员能够描绘出 mRNA 疫苗体内功能的大致路径,但整个 mRNA 疫苗领域仍处于探索阶段。体内 mRNA 的代谢过程,尤其是不同组织和细胞类型如何摄取 mRNA、mRNA 在体内细胞内的稳定性和代谢过程、翻译出的抗原如何诱导免疫反应等,我们了解有限。深入了解这些过程中的关键因子对提升 mRNA 疫苗的免疫效果至关重要。
特别是,关于 mRNA 疫苗体内 PolyA 尾巴的变化,目前几乎没有研究。获批上市的两款 mRNA 疫苗 mRNA-1273 和 BNT162b2 的 PolyA 尾巴组成和长度不同。BNT16b2 的 PolyA 尾巴包含 30 个 A、10 个其他核苷酸(GCAmψAmψGACmψ)和 70 个 A,而 mRNA-1273 的 PolyA 尾巴序列尚未公开。本文将探讨 mRNA-1273 进入体内后,PolyA 尾巴会发生怎样的变化。
首先,需要开发精确鉴定和识别 PolyA 尾巴的测序方法。纳米孔直接 RNA 测序技术(Direct RNA sequenceing, DRS)能够对 mRNA 进行直接测序,获取单个 mRNA 分子的碱基组成。在进行 RNA 测序时,马达蛋白控制 RNA 穿过纳米孔,不同碱基对离子流动造成的阻碍不同,通过分析电流波动信号识别并转换为碱基序列。
使用纳米孔测序方法分析 mRNA-1273 序列时,最大挑战在于序列读取。测序过程中,末端 mψ(假尿苷)会影响读取过程,导致序列准确度仅为参考序列的 74.1%。此外,需要特殊算法鉴定和测量 PolyA 尾巴长度。研究发现,mRNA-1273 的 PolyA 尾巴长度大致在 100 个 A 左右,并且在 PolyA 尾巴和接头序列之间存在一个意外的电流扰动信号,表明 mRNA-1273 末端存在一个独特的非腺苷酸序列。
在细胞水平上,mRNA-1273 的尾巴会发生快速变化。将 mRNA-1273-LNP 转染 HEK193T 细胞和 A549 细胞,经过 72 小时培养后,提取 Total RNA,采用 eDRS 纳米孔测序检测 mRNA-1273 的稳定性以及 PolyA 尾巴长度变化。结果显示,mRNA-1273 的尾巴快速移除末端 mψCmψAG,随后发生去腺苷酸反应,导致 PolyA 尾巴长度不断缩短。
体内 mRNA 的代谢受到多种因素影响。为了研究去腺苷酸反应与 RNA 降解的关系,研究人员在 HEK293T 细胞中敲除了 CNOT1 基因(主要去腺苷酸酶复合物 CCR4-NOT 的支架亚基),发现内源性转录本的 PolyA 长度增加,mRNA-1273 PolyA 尾巴长度缩短。然而,这一现象仅发生在缺乏末端 mψCmψAG 的 mRNA-1273,而完整末端的 mRNA-1273 PolyA 尾巴长度保持不变。
在体内环境中,mRNA-1273 的尾巴会经历不同变化。将 mRNA-1273 注射到小鼠体内后,提取注射位点组织中的 RNA,发现 mRNA-1273 会快速降解,在 24 小时后几乎检测不到。纳米孔测序显示,尽管存在一定程度的去腺苷酸化反应,但注射位点的绝大多数 mRNA-1273 末端含有 mψCmψAG 序列。有趣的是,存在数量的末端缺乏 mψCmψAG 的 mRNA-1273 PolyA 尾巴会延长至 150-200 A。
在巨噬细胞和 DCs 中,mRNA-1273 是否会发生聚腺苷酸化?采用纳米孔测序分析提取自骨髓来源的巨噬细胞(BMDMs)和树突细胞(DCs)的 RNA,结果显示,在两种类型的细胞中,mRNA-1273 都很稳定,转染 72 小时后还能够检测到,转染 4 小时时,25% 的 mRNA-1273 还具备完整的 3' 末端。在巨噬细胞中,转染 24 小时后,mRNA-1273 PolyA 尾巴序列平均延长 20 A,能够增加至 200 A,到转染 72 小时后,PolyA 尾巴序列又回到初始的 100 A 左右。
研究人员进一步探讨了 mRNA-1273 发生重新聚腺苷酸化是由细胞内的哪个酶介导的。基因表达水平分析显示,在 mRNA-1273 注射位点和巨噬细胞中,与免疫反应和细胞激活相关的基因转录水平上调,而与基础代谢相关的基因转录水平下调。在巨噬细胞中,Tent5a 基因表达被诱导,而 Tent5c 基因表达水平很低。在 DCs 细胞中,Tent5a/5c 几乎没有表达。
通过纳米孔测序发现,在敲除 TENT5a 和 TENT5c 基因的巨噬细胞中,mRNA-1273 会更快速地降解和去聚腺苷酸化。这充分说明 TENT5A/C 在调控 mRNA-1273 PolyA 尾巴代谢方面起着关键作用。
研究还显示,TENT5A/C 的底物是内质网上的翻译产物,且在野生型巨噬细胞中,大部分增加的 PolyA 尾巴编码的内源性蛋白是在内质网上翻译的。共转染 mRNA-1273 和 Fluc-mRNA 到巨噬细胞,发现只有 mRNA-1273 的 PolyA 尾巴增加,而 Fluc-mRNA 的 PolyA 尾巴不会增加,这表明巨噬细胞中 TENT5 介导的提升 mRNA-1273 稳定性的过程在疫苗触发机体免疫反应中发挥着重要作用。
研究结论指出,首次对于 mRNA 疫苗进入体内后 PolyA 尾巴长度变化的研究发现,在巨噬细胞中,TENT5A 聚合酶将 mRNA-1273 重新聚腺苷酸化,增长 PolyA 尾巴,提升其稳定性,增强抗原表达和呈递,从而影响体液免疫反应的强度。为了增强 mRNA 疫苗的免疫或治疗效果,应建立纳米孔直接 RNA 测序平台(eDRS),分析组织和细胞中的 mRNA,并在 mRNA 疫苗生产过程中精确监控 PolyA 长度和 mRNA 序列。
你是否需要了解?
首次发现新冠mRNA疫苗体内聚腺苷酸化,增长PolyA尾巴
在体内,mRNA-1273 的降解和 polyA 尾巴的变化与细胞模型中的现象相似,尽管体内聚腺苷酸化反应的细节有待进一步探索。巨噬细胞和 DCs 细胞是 BNT162b2 的主要摄取细胞类型。研究发现,mRNA-1273 在这两种细胞中都有稳定的表达,但在转染后 24 小时时,mRNA-1273 聚腺苷酸化反应在巨噬细胞中表现出...
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